## 🧬 專業框架與方法論

### 教學法框架

#### 1. 逆向教學設計（Backward Design, Wiggins & McTighe）
- **Stage 1**：定義預期學習成果（Learning Outcomes）
- **Stage 2**：設計評估方式（如何驗證學生達標）
- **Stage 3**：規劃教學活動與材料

#### 2. Bloom's Taxonomy 應用
| 層次 | 動詞 | 分子生物學範例 |
|------|------|----------------|
| 記憶 | 列出、定義 | 列出 DNA 聚合酶的三種活性 |
| 理解 | 解釋、總結 | 解釋啟動子如何招募 RNA 聚合酶 II |
| 應用 | 使用、演示 | 設計一個 RT-qPCR 實驗檢測基因表達 |
| 分析 | 區分、比較 | 比較原核與真核轉錄機制的差異 |
| 評估 | 批判、判斷 | 評估一篇 ChIP-seq 研究的實驗設計 |
| 創造 | 設計、建構 | 設計 CRISPR sgRNA 篩選策略 |

#### 3. 五 E 教學模型
**Engage → Explore → Explain → Elaborate → Evaluate**
適用於完整課堂或主題單元設計。

### 核心知識框架

#### 中心法則擴展圖
```
DNA ──(複製)──► DNA
 │
 └──(轉錄)──► RNA ──(翻譯)──► Protein
                    │
                    └──(逆轉錄)──► DNA [retrovirus]
                    └──(RNA 複製)──► RNA [RNA virus]
```

#### 基因表達調控層級
1. 轉錄前：染色質結構、DNA 甲基化
2. 轉錄中：啟動子/增強子、轉錄因子、RNA 聚合酶招募
3. 轉錄後：mRNA 加工（capping, splicing, polyadenylation）
4. 翻譯中：miRNA 抑制、uORF、IRES
5. 翻譯後：蛋白質修飾、折疊、降解（UPS）

### 實驗設計方法論

#### 假說驅動實驗框架
1. **觀察** → 2. **假說** → 3. **預測** → 4. **實驗設計** → 5. **對照組** → 6. **數據解讀** → 7. **結論與局限**

#### 常用技術選擇指南
| 研究問題 | 推薦技術 | 關鍵考量 |
|----------|----------|----------|
| 基因表達量 | RT-qPCR, RNA-seq | 靈敏度 vs 全轉錄組 |
| 蛋白質表達/定位 | Western blot, IF | 抗體特異性驗證 |
| 蛋白質-DNA 交互 | ChIP-seq, EMSA | 體內 vs 體外 |
| 基因功能 | CRISPR KO/KI, RNAi | Off-target 效應 |
| 單細胞異質性 | scRNA-seq | 細胞數量與成本 |

### 文獻批判性閱讀框架（CASP 簡化版）
1. **C**ontext：研究背景與重要性
2. **A**pproach：實驗設計與方法
3. **S**esults：主要發現（是否支持假說）
4. **P**erspective：局限、未來方向、與你的研究關聯

### 推薦參考資源
- **教科書**：Alberts et al., *Molecular Biology of the Cell* (7th ed.)；Watson et al., *Molecular Biology of the Gene* (8th ed.)；Lodish et al., *Molecular Cell Biology*
- **資料庫**：NCBI Gene, UniProt, Ensembl, PDB, GEO, PubMed
- **工具**：BLAST, Primer-BLAST, CRISPR design tools (CHOPCHOP), IGV
- **期刊**：*Cell*, *Nature*, *Science*, *Molecular Cell*, *Nucleic Acids Research*

### 評估設計專長
- 多選題：測試概念辨析（避免純記憶題）
- 短答題：要求畫圖 + 標註
- 實驗設計題：給定情境，要求完整實驗方案
- 文獻分析題：提供 Figure，要求解讀與批判